The 4 Partners

iCOPE is involving four departments: Skåne University Hospital, Lund University, Rigshospitalet Copenhagen and Danish Technical University.
Skånes universitetssjukhus

Skånes universitetssjukhus (SUS), som är del av Region Skåne, är Sveriges tredje största sjukhus och har verksamhet i både Malmö och Lund. Det finns rikssjukvård inom fyra områden med forskning tätt knuten till patientnära klinisk verksamhet och i samarbete med Lunds universitet. Vården för barn med cancer är centraliserad till 6 centra i Sverige. Tre av dessa, inklusive Lund, kan diagnostisera och behandla alla typer av cancer. Barnonkologiska avdelningen i Lund är ett av endast två barncancercentra i Sverige där barn behandlas med blodstamcellstransplantation på själva barnavdelningen. Stamcellstransplantations-verksamheten har nyligen blivit internationelt ackrediterad enligt JACIE. Hela barnonkologiska verksamheten har nyligen ansökt om att ingå i European Reference Network for Paediatric Cancer.

Upptagningsområde för Barnonkologen i Lund är Södra Sverige (ca 1,8 miljon människor), och årligen diagnostiseras och behandlas 50-70 barn med cancer. Inom barnonkologin vid SUS bedrivs en aktiv och bred forskningsaktivitet. De flesta kliniskt verksamma barnonkologer har parallell forskningsverksamhet. Den mesta forskningen bedrivs i samarbete med ett flertal forskargrupper inom SUS och Lunds Universitet (LU). Barncancerrelaterad forskning på SUS och LU har en lång tradition. Till exempel var Lund först i Norden att kartlägga seneffekter efter cancerbehandling som barn, och än idag har Lund en prominent nationell och internationell roll vad gäller forskning och klinik avseende dessa seneffekter. Lund har också sedan länge en världsledande roll i forskningen kring kroppens arvsmassa och de genetiska avvikelser som uppstår vid cancerutvecklingen, mestadels koordinerad hos avdelningen för klinisk genetik i Lund. SUS och LU har dessutom en stark forskningstradition inom stamcells- och utvecklingsbiologi, som syftar till att studera hur olika organ bildas och beter sig i vanlig utveckling och vid sjukdom. Mycket av denna forskningsaktivitet sker vid Lund Stamcellscenter. De barnonkologiska cancercentra i Lund och Köpenhamn, och den forskningsaktivitet som är kopplad till dessa, har haft långvarigt samarbete, organiserad inom SOHO (Sundets Onkologiska och Hematologiska Organistion). SOHO samarbetet har handlat om utbyte av erfarenheter kring svåra patienter, gemensamma behandlingsriktlinjer och forskningsutbyte. Vi vill genom iCOPE utveckla och intensifiera detta samarbete. Genom en sammanslagning av våra patientcohorter, samt ett mer intensivt samarbete bland de olika spetskompetenser och forskargrupper som finns i Lund och Köpenhamn, kommer vi kunna bedriva forskning på en internationellt mycket hög nivå. Vårt mål är att detta samarbete ska kunna leda till nya behandlingsmetoder som båda är mer effektivt (riktad) mot tumörcellen och som samtidig medför färre biverkningar. I denna kontext är det viktigt att nämna att Barnonkologiska avdelningen i Köpenhamn var först i Skandinaviens (2014) att starta en Klinisk Prövningsenhet för Fas 1/2 studier för barn, och är idag även Skandinaviens största.Ett av målen med iCOPE är att fler barn ska överleva sin cancersjukdom, med så få biverkningar som möjligt. Genom att integrera molekylär- och biologisk forskning på ett mycket större patientmaterial än något annat centra i Norden, och inom samma verksamhet kunna överföra denna kunskap direkt till patienterna i form av kliniska prövningar, hoppas vi kunna vara med och leda barnonkologin genom det paradigmskifte vi står inför, där vi med precisionsmedicin botar lika många, eller fler, barn till en lägre kostnad i form av biverkningar, lidande och framtida men för patienterna. Sannolikt kommer de nya kunskaperna och behandlingsstrategierna som utvecklas inom iCOPE inte enbart barn med cancer till nytta, utan dessa kan även vara viktiga för andra patientgrupper, båda barn och vuxna.

Lunds universitet

Lunds universitet (LU) är ett av Nordens största lärosäten, med 40.000 studenter och 7.400 anställda fördelade på campus i Lund, Malmö och Helsingborg. Medicinska fakulteten vid LU bidrar, i samarbete med aktörer inom hälso- och sjukvården, till ökad kunskap för ett bättre liv genom utbildning, forskning och kunskapsförmedling. Av Fakultetens omsättning går fyra femtedelar till forskning och en femtedel till utbildning. Fakulteten har cirka 1 800 medarbetare och 2 800 studenter i Lund, Malmö och Helsingborg. Fakulteten har 8 utbildningar på grundnivå och 14 utbildningar på avancerad nivå. De största utbildningarna är läkar- och sjuksköterskeprogrammen. Det finns cirka 1 100 forskarstuderande och varje år sker cirka 150 disputationer.

Fakultetens forskningsverksamhet finansieras till mer än hälften av statliga anslag och statliga rådsbidrag, resterande finansiering kommer främst från stiftelser. Inom LU finns flera starka forskarmiljöer med barnonkologisk inriktning. Genetisk forskning kring framförallt genetiska avvikelser vid leukemisjukdomar hos barn har internationellt varit extremt framgångsrik under många år, med till exempel skapandet av Mitelman database of chromosome aberrations in Cancer, som är en fritt tillgänglig databas (med National Cancer Institute, USA, som värd) med nästan 70.000 genetiskt beskrivna tumörer. Vid BioMedicinskt Centrum i Lund (tvärs över gatan från den barnonkologiska avdelningen) finns dessutom ett antal mycket aktiva forskargrupper inom blod- och tumörforskning med tillgång till avancerade laboratorietekniker. De särskilda områden och tekniker LU särskilt bidrar med till iCOPE är till exempel avancerade djurmodeller, väl utvecklad cellsorteringsexpertis och cellbiologiska metoder, och RNA sekvensering och – analys. Den starka forskning kring tumörers biologi och genetik som bedrivs vid LU skulle ytterligare stärkas och kompletteras genom strukturellt och logistiskt samarbete med Rigshospitalet och DTU med deras forskningsfokus på värdfaktorer för tumörsjukdomar hos barn, bioinformatik och avancerade maskininlärningsalgoritmer för att förstå komplexa samband mellan frisk och sjuk vävnad. Vid LU finns också en aktiv forskning inom medicinsk etik, med framförallt normativt och forskningsetiskt fokus. Med tanke på karaktären av den genomiska forskning som utvecklas i snabb takt, och som är kärnan i iCOPE, måste de värdefrågor som uppstår hanteras. Det vill vi göra integrerat inom ramen för iCOPE. För denna del av forskningen finns stora synergivinster att hämta genom integrering med Köpenhamns starka profil mot psykosocial forskning för att förbättra patienternas och deras familjers livskvalitet.

Danmarks Tekniske Universitet

Danmarks Tekniske Universitet, Institut for Bio- og Sundhedsinformatik (DTU), er et internationalt elite teknisk universitet, hvor uddannelse, videnskabelig rådgivning og innovation bygger på et solidt grundlag af verdensklasse forskning. Universitet er førende inden for det akademiske og multidisciplinære område på det tekniske såvel som det naturvidenskabelige område. Takket været universitetets placering i Medicon Valley, har DTU gennem mange år samarbejdet med industrien for udvikling af nye produkter og løsninger inden for sundhedssektoren. DTU optager hvert år ca. 4000 master studerende og 1400 PhD studerende, hvoraf en stor del er internationale studerende. 

Institut for Bio- og Sundhedsinformatik (DTU Bioinformatik) udvikler beregningsmæssige strategier til store mængder af biologiske data indenfor system biologi og kunstige intelligenssystemer. Herunder udnyttes information om store omics-, sundheds- og miljødata og forudgående biologisk forståelse for herigennem at udvide biologisk viden og fremme innovation i morgendagens biotek og biomedicinsk industri. DTU bioinformatiks kerneområder inden for forskning er inden for følgende: Sundhed og genominformatik, Biotekinformatik og epidemiologi, systembiologi, immunoinformatik, genom sekventering, kunstig intelligens og maskinindlæring i life science og sundhedsvidenskab med specielt fokus på sygdomme, sygdoms-behandling og progression. DTU bioinformatik bidrager til undervisning ved at udbyde 14 PhD og kandidat kurser, samt specialkurser for studerende med interesse i forskningsprojekter. 

Instituttet udspringer fra Center for Biologisk Sequence Analysis (CBS), der blev dannet i 1993 og som i mange år repræsenterede en af de største tværfaglige grundforskningsgrupper inden for bioinformatik og systembiologi i den akademiske verden i Europa. Fra 1. januar 2019 indgår instituttet i et nyt institut med navnet DTU Sundhedsteknologi. Dette institut vil samle 300 forskere i et nyt miljø, der vil optimere forholdene og faciliteterne for sundhedsteknisk forskning. DTU Sundhedsteknologi vil komme til at bestå af forskningsgrupper, der kommer fra DTU Elektro, DTU Nanotech, DTU Bioinformatik, DTU Compute og DTU Bioengineering. Den nye enhed vil derfor samle kernen af DTU’s forskning inden for sundhedsteknologi og skabe en forskningsplatform for den innovation og viden, som industrien og samfundet efterspørger. Især øget fokus på klinisk og industrielt samarbejde vil i fremtiden resultere i et attraktivt talent udviklingsmiljø og i en stærk kobling af bioinformatik, Big Data og sundhedsteknologi, der vil fremme patient behandlinger. Flere institutter ved DTU har allerede etableret et stærkt samarbejde med Lund universitet som har ført til 234 fælles publikationer i 2014-2018 og 12 Horizon 2020 ansøgninger. Samarbejdet inkluderer institut-evalueringer, PhD og professor bedømmelsesudvalg. Lund universitet er iblandt de mest foretrukne destinationer for PhD forskningsophold. Der er ambitioner omkring at øge life science samarbejdet med Lund universitet grundet DTU’s øgede fokus på sundhed, som vil være baseret på det vel-etablerede samarbejde. DTU’s erfaring med computional dataanalyse og genom sekventering, Rigshospitalet’s ekspertise med patienternes arvemateriale og Lund universitet’s erfaring med tumor genetik og RNAseq (transcriptomics) vil give synergi i iCOPE. DTU¿s erfaring med håndtering af store datasæts, robuste statistiske modeller og state-of-the-art kunstig intelligens og maskinindlærings metoder vil sættes i en direkte translation af resultater til kliniske grupper. Data vil blive opbevaret på Computerome, som er en dansk life science supercomputer der administreres af DTU. Computerome er et high-performance system som sikrer databeskyttelse, overholder den nye EUpersondatalovgivning og har flere certifikater inklusiv HIPAA som er relevant for patient data.

Rigshospitalet København

Rigshospitalet (RH), er Danmarks største hospital og varetager en række højtspecialiserede funktioner, hvoraf behandling af børn med kræft er det største, dyreste og mest forskningsfokuserede fagområde i BørneUngeKlinikken. Alle patienter i Region Hovedstaden og Region Sjælland samt en væsentlig del af patienterne fra Region Syd henvises til børnekræftafdelingen, som derved er Nordens største. Rigshospitalet er internationalt anerkendt inden for forskning og behandling af børn med kræft, og modtog i 2013 Region Hovedstadens Global Excellence pris for kvaliteten af forskning, uddannelse og behandling af disse patienter. 

Rigshospitalets børnekræftafdeling har en stor forskningsenhed med mere end 60 hel- eller deltidsansatte. Forskningen har været særlig fokuseret på – årsager til kræft hos børn, – forskelle i patienters omsætning af cellegifte og hvad det betyder for behandlingseffekten, – bivirkninger til kræftbehandling, – betydningen af forskelle i patienternes arvemateriale for punkt 1-3, og – sociale uligheder og skoleundervisning under behandlingen. Enheden er internationalt anerkendt for sin forskning, og har ledet en række internationale forskningsprogrammer. iCOPE programmet vil indenfor forskning (herunder rekruttering af forskere), uddannelse og behandling løfte det interregionale samarbejde langt ud over, hvad der hidtil har været muligt.